Suối Muội bắt nguồn từ tây bắc xã Chiềng Pha 21°31′31″B 103°38′13″Đ / 21,525229°B 103,636865°Đ / 21.525229; 103.636865 (SMuội Chiềng Pha).

Sau đó suối chảy về hướng đông nam qua Phổng Lăng, thị trấn Thuận Châu đến xã Thôm Mòn 21°25′17″B 103°43′00″Đ / 21,421316°B 103,716724°Đ / 21.421316; 103.716724 (SMuội Thôm Mòn). Tại đây Quốc lộ 6 được mở theo thung lũng suối Muội [4].

Suối Muội đổi hướng tây nam, đến xã Púng Tra thì có tên là Huổi Phai. Từ thung lũng của xã này sông đổi hướng đông nam, đến giữa xã Nậm Lầu thì đổ vào Nậm Ty, từ đây nước chảy đến sông Mã.[5]